前言

许多生物进程和细胞通讯息息相关，如胚胎发育，器官形成，癌症发生发展，炎症反应，药物作用和耐药研究等。当细胞不能正确地相互作用或不正确地解码分子信息时，就会引起疾病。因此，细胞间信号通路的鉴定和定量已成为跨不同学科进行的常见分析。蛋白质间的相互作用数据库的扩展以及RNA测序技术的最新进展，使从大量和单细胞数据集的基因表达测量中进行细胞间信号传导的常规分析成为了可能。特别是，配体-受体对可用于从其同源基因的协调表达中推断细胞间的通讯。

细胞相互作用类型

细胞互作的类型主要包含四类，分别是自分泌、旁分泌、近分泌和内分泌。自分泌信号转导是指细胞内通讯，细胞分泌配体，这些配体用于通过同源受体诱导同一细胞上表达的那些分子的细胞应答；旁分泌细胞间的通讯不需要细胞间的接触，而是取决于信号分子在分泌后从一个细胞扩散到另一个细胞；近分泌依赖于接触的细胞间通讯依赖于间隙连接或膜纳米管等其他结构，使信号分子直接在细胞之间传递，而不会分泌到细胞外；内分泌细胞间的通讯代表细胞间的通讯，信号分子被分泌并通过诸如血浆的细胞外液传播很长一段距离。

细胞相互作用分析一般流程

细胞相互作用分析流程主要包括以下几步：收集样本组织、制备单细胞悬液、建库和测序；对原始数据预处理获得基因表达矩阵；结合受配体数据库，保留矩阵中的配体或受体相关基因；对配体和受体之间的相互作用进行打分；可视化相互作用；对预测的配受体互作对进行验证。

细胞相互作用工具

目前，关于细胞相互作用分析的工具已经有很多，今天小编主要为大家介绍cellphoneDB和CellChat这两款软件。

1.cellphoneDB

简介

cellphoneDB包含配体、受体及其相互作用的数据库，共有个蛋白，对相互作用基因对。目前，已经开发了的几种从scRNA-seq数据推断细胞之间的通信的方法，例如SingleCellsignalR,iTALK和NicheNet，主要